黃圣依出生于上海浦東新區,黃圣依的家庭是一個傳統的知識分子家庭,父親黃自強是上海第二工業大學教授,畢業于清華大學,90年代初留學美國,系江夏黃氏一族。母親鄧傳理是《新民晚報》編輯,四川成都人,畢業于上海音專。表舅則是著名經濟學家吳敬璉。從小父母就對黃圣依進行綜合素質教育,從2歲起先后學過舞蹈、鋼琴、繪畫等。但她的父母起初從不希望女兒從事演藝工作,希望她學習理科,從事工商管理方面工作。